Ученый совет Общецерковной аспирантуры является коллегиальным органом, участвующим в управлении учебным заведением. Число членов и персональный состав совета определяются Ректором, который является Председателем совета. По должности в состав Ученого совета включены проректор, секретарь Ученого совета и заведующие кафедрами (и их заместители).

Среди полномочий Ученого совета, согласно Уставу Общецерковной аспирантуры: решение вопросов организационной структуры учебного заведения, определение направлений образовательной и научной деятельности, утверждение учебных программ, тем диссертаций и научных руководителей (консультантов), издательских планов. Кафедры Общецерковной аспирантуры подотчетны Ученому совету.

Работа Ученого совета проходит не только непосредственно на его заседаниях, но и между ними – на рабочих совещаниях и в переписке членов совета.

Заседания Ученого совета проводятся по решению Ректора в соответствии с его рабочим графиком.