Общецерковная аспирантура и докторантура имени святых равноапостольных Кирилла и Мефодия с момента своего образования активно сотрудничает с духовными учебными заведениями, ведущими научно-исследовательскими, а также высшими учебными заведениями нашей страны и зарубежья.

Создание по решению Священного Синода Общецерковной аспирантуры вызвало живой интерес в академическом сообществе. С некоторыми из высших учебных заведений, по обоюдному согласию, были заключены соглашения о сотрудничестве.

В декабре 2009 года состоялось подписание Соглашения о сотрудничестве между Русской Православной Церковью Московского Патриархата и Российской академией государственной службы. Со стороны Русской Православной Церкви соглашение подписал Патриарх Московский и всея Руси Кирилл. Одним из основных пунктов соглашения было сотрудничество Общецерковной аспирантуры и докторантуры и РАГС, реализация которого началась уже с 2009/2010 учебного года. Подписание этого договора о сотрудничестве явилось импульсом к появлению других соглашений с светскими вузами.

Весной 2010 г. митрополит Волоколамский Иларион подписал соглашения о сотрудничестве Аспирантуры с Российским государственным социальным университетом, Московским государственным лингвистическим университетом, а также с Российской Христианской гуманитарной академией (г. Санкт-Петербург).

Подписанные соглашения закрепляют установившееся сотрудничество между Аспирантурой и светскими вузами, обеспечивают оказание помощи друг другу в административных вопросах и в вопросах образования. Соглашения предусматривают обмен студентами и преподавателями между учебными заведениями и являются ярким подтверждением того, что церковная и светская наука нуждаются друг в друге, поскольку нас объединяют общие цели и задачи.

Руководство Общецерковной аспирантуры и докторантуры надеется, что активное и плодотворное сотрудничество Аспирантуры и светских научных организаций станет очередным шагом к признанию церковных ученых степеней, званий и диссертаций светской наукой.

Аспирантура открыта к сотрудничеству с другими вузами нашей страны и зарубежья. В дальнейшем планируется подписание подобных соглашений с университетами, академиями и институтами России, стран ближнего и дальнего зарубежья, а кроме того – с учреждениями культуры и архивами.