Первое летописное упоминание монастыря относится к 1415 году, в контексте рассказа о рождении великого князя Василия II Темного. Позднее, в начала XVII века, эти места стали заселять посадские люди и ремесленники. Возводились деревянные дома не согласно определенному плану, а спонтанно. Впоследствии район Заречье (или Замоскворечье) был неоднократно уничтожаем набегами неприятеля, но весьма скоро восстанавливался.

В 1514 г. по благоволению великого князя Василия III итальянский зодчий Алевиз Фрязин (Новый), архитектор Архангельского собора Московского кремля, воздвиг на месте обветшавшей деревянной монастырской церкви каменный храм Усекновения главы Иоанна Предтечи. Храм был освящен 29 августа 1515 г. По-видимому, он и стал первым каменным храмом в Замоскворечье.

Ивановский монастырь «под Бором» был упразднен, по-видимому, в XVI веке, и с той поры храмы Черниговского переулка действуют как приходские. Точные сведения о причинах упразднения или перенесения монастыря пока не найдены.

В 1578 г. у стен церкви Иоанна Предтечи народ с царем и митрополитом торжественно встречали перенесенные из Чернигова святые мощи князя Михаила Черниговского и его верного боярина Федора. В память об этой встрече был построен деревянный храм во имя Черниговских чудотворцев, первое упоминание о котором относится к 1625 г. Храм был приписан к храму Усекновения главы Иоанна Предтечи под Бором. А в 1675 г. на средства купчихи Иулиании Ивановны Малютиной на его месте выстроен каменный пятиглавый однопрестольный храм, который находится там и поныне, причем в его композицию входила не сохранившаяся до наших дней шатровая колокольня (разобрана в XIX в.).

Во время Смуты 1612 года храм Иоанна Предтечи был разрушен. В 1658 году храм св. Иоанна Крестителя был вновь выстроен в камне, причем от Алевизова здания сохранились лишь белокаменные фрагменты в фундаментах и подклете храма.

В 1757 году было начато строительство трапезной, где разместился новый придел свв. чудотворцев и бессеребренников Косьмы и Дамиана Асийских. Освящение состоялось 17 августа 1759 г. В 1772 г. принял свой окончательный вид купол на главной церкви. Одновременно с трапезной начали возводить и новую, отдельно стоящую колокольню на углу Черниговского переулка и Пятницкой улицы, но ее строительство было завершено только в 1781 году.

В 1896 – 1904 гг. при участии Ф.О. Шехтеля было произведено обновление храма, в ходе которого были обновлены росписи и иконостас.

Храмы Черниговского переулка не избежали печальной участи многих храмов и монастырей после революции. Храм Усекновения главы Иоанна Предтечи был закрыт в 1917 году, храм Черниговских чудотворцев – вскоре после него. С 1924 г. в здании храма Черниговских мучеников находился молитвенный дом баптистов, а около 1934 г. его превратили в склад, который находился здесь до 1977 г. Милостью Божией храмам удалось избежать полной ликвидации.

В 60-е годы XX века храм св. Михаила и Фёдора Черниговских находился в запустении. Главы были разобраны, штукатурка облезла. Не лучше выглядел и храм Иоанна Предтечи. В 1969 г. М.Л. Богоявленский, один из крупнейших специалистов по истории московских храмов, так описывал его состояние: «Церковь в настоящее время обезглавлена, штукатурка местами отвалилась, колокольня покрашена, позолоты нет. Внутри помещается «Управление продовольственными товарами. Райторготдел Советского района».

Во второй половине 1970-х гг., когда столица СССР готовилась к приему иностранных гостей в связи с предстоящими олимпийскими играми 1980 года, в ней были проведены масштабные реставрационные работы во многих порушенных памятниках архитектуры. Были отреставрированы и оба храма вместе с отдельно стоящей колокольней в Черниговском переулке. На Иоанно-Предтечинском храме вновь появились купол и крест, а в интерьере храма были обнаружены фрагменты росписей XVII и XIX вв. Была восстановлена и ограда с решеткой. В храме Черниговских мучеников были восстановлены и покрыты изумрудной черепицей главы, раскрыто завершение с кокошниками. Стены обоих храмов были оштукатурены и побелены, трапезная и колокольня - покрашены. Реставрационные работы продолжались вплоть до 1984 г.

Последним владельцем храмов было Министерство промышленности стройматериалов СССР. В 80-е годы минувшего века в храме Иоанна Предтечи находился принадлежавший министерству демонстрационно-выставочный зал «Художественное стекло».

В 1991 г. храм Черниговских мучеников был возвращен верующим, а 3 октября 1993 г. состоялось его освящение. А в 1997 году возобновились богослужения и в храме Усекновения главы Иоанна Предтечи под Бором.

Сейчас храмы Черниговского переулка являются Патриаршим подворьем. В июне 2010 г. Святейшим Патриархом Кириллом они переданы для размещения Общецерковной аспирантуры и докторантуры им. святых равноапостольных Кирилла и Мефодия. Настоятелем храма в августе 2010 года назначен ректор Аспирантуры митрополит Волоколамский Иларион.

Храмы, колокольня, а также прихрамовые здания и территория нуждаются в ремонте и восстановлении, начало которым уже положено.