Родился 20.01.1968 г. в п. Елизово Камчатской обл. Среднюю школу окончил в 1985 г. в Ленинграде. После службы в Советской Армии (1986-1988) учился в Ленинградском (Санкт-Петербургском) государственном университете (1988-1994). До срока окончания аспирантуры защитил кандидатскую диссертацию с темой «Метафизика Франсиско Суареса (Принцип индивидуации: от средневековой схоластики к философии Нового времени)» (СПбГУ, 1997).

С 1993 г. работал учителем в школе, с 1996 г. на кафедре философии Санкт-Петербургского  государственного горного института (ассистент, доцент, профессор, в 2003-2005 декан факультета). В период с 1999 по 2011 г. одновременно работал на профессорско-преподавательских должностях на философском и филологическом факультетах Санкт-Петербургского государственного университета.

С 2001 г. Д.В.Шмонин работает в Русской христианской гуманитарной академии (РХГА): начальник научного отдела, с 2005 г.– проректор по научной работе, с 2017 г. – заведующий кафедрой теологии и пастырской педагогики. Читает курсы: «История средневековой философии», «История и философия образования», «Педагогика высшей школы», «Введение в теологию образования» и др.

Главный редактор журнала «Вестник РХГА», главный редактор журнала «Acta eruditorum», член редколлегий и редакционных советов изданий: «Вестник Ленинградского государственного университета им. А.С. Пушкина (серия философия)», «Христианское чтение», «Verbum», «Социальные и гуманитарные науки» (Ростов н/Д) и др.

С 2009 г. - профессор Санкт-Петербургской духовной академии. Читает курсы: «Патристика и схоластика», «История богословского образования», «История и философия науки» и «Методика научно-исследовательской работы».

C 2011 г. работает в Общецерковной аспирантуре и докторантуре в качестве научного консультанта докторских диссертационных исследований (подготовил 3-х докторов богословия), член Общецерковного докторского диссертационного совета с момента создания (с 2016 г. – ученый секретарь этого совета), с 2014 г. – заведующий кафедрой педагогики и теории образования Общецерковной аспирантуры и докторантуры в Санкт-Петербурге, организатор совместной магистерской программы ОЦАД и РХГА «Теология образования». С марта 2016 г. – руководитель аспирантской образовательной программы «Актуальные проблемы богословия», с октября 2016 г. – исполняющий обязанности, а с мая 2017 года - проректор по научной работе Общецерковной аспирантуры и докторантуры. Педагогическую нагрузку выполняет в должности профессора кафедры богословия и литургики.

Женат, имеет дочь.